W uniwersum "Naruto", każdy shinobi bądź kunoichi posiadał swoją Naturę Chakry. Uwarunkowuje ona, technikami jakiego żywiołu będzie mógł posługiwać się użytkownik. Wyróżniamy pięć żywiołów: Doton (ziemia), Suiton (woda), Raiton (błyskawica), Katon (płomień) oraz Fuuton (wiatr). Każdy z żywiołów jest zarówno lepszy od jednego, jak i od jednego słabszy. Przykładowo, Shinobi posługujący się chakrą Katon, będzie skuteczniejszy w walce z użytkownikiem chakry wiatru, ale podczas walki z użytkownikiem wodnej chakry, nie będzie zbyt skuteczny.
Pełną zależność żywiołów chakry, przedstawia poniższy schemat:



Swoją naturę chakry poznajemy w Akademii Ninja, na zakończenie naszego egzaminu.

Student posiada 1 Naturę Chakry
Genin posiada 1 Naturę Chakry
Chuunin posiada 1 Naturę Chakry (lub dwie, jeżeli w znaczący sposób wykazał się fabularnie)
Jounin posiada 2 Natury Chakry
Kage/Sannin posiada 3 Natury Chakry